До сих пор не известна точная дата основания первого Богословского кладбища. Предположительно, оно появилось на Выборгской стороне в первой половине XVIII в. Название кладбища происходит от располагавшейся на его территории церкви Иоанна Богослова, о которой так же не сохранилось информации касательной даты основания и автора. На этом кладбище в основном хоронили умерших в военно-сухопутном госпитале людей.